• Yếu tố sigma ở dạng tuyến tính là một chuỗi pôlypeptit được chia thành 4 miền:[6]

C-terminus --------------------- N-terminus                    4    3    2    1

• Mỗi miền có thể còn được chia nhỏ hơn, chẳng hạn miền 2 gồm 2.1, 2.2, v.v. Mỗi miền có chức năng khác nhau, ví dụ:
  • Miền 1.1 liên quan đến việc đảm bảo yếu tố sigma sẽ chỉ liên kết với chất xúc tác khi nó được tạo phức với Pol.
  • Miền 2.4 nhận và liên kết với trình tự −10 của vùng khởi động trên gen (trình tự TATA).
  • Miền 4.2 nhận ra và liên kết với trình tự −35 ở vùng khởi động.
  • Miền 1 là chính, chịu trách nhiệm cho phần lớn "công việc" trong khởi đầu phiên mã, còn miền 2-4 thực hiện các chức năng chuyên biệt hơn như phản ứng căng thẳng
• Mỗi miền chính được mô tả ở hình 2 - 6. Yếu tố sigma có nhiều cấu tạo khác nhau, mỗi loại được đặt tên theo khối lượng phân tử (đo bằng Da). Ví dụ σ70 là yếu tố sigma có trọng lượng phân tử 70 kDa thường gặp ở trực khuẩn E. coli. Do đó, các miền thường gọi tắt chẳng hạn σ1, σ2...; còn các miền phụ được gọi là σ1.1, σ1.2...
• Vị trí liên kết hoặc tác động chính của các miền của yếu tố sigma trên ADN được mô tả ở hình 1.[7]